UN Women förvaltar över två fonder vars syften är att driva på innovativa program med stor genomslagskraft – FNs Fond för att Stoppa Våld Mot Kvinnor (the UN Trust Fund to End Violence against Women/the UN Trust Fund) och Jämställdhetsfonden (the Fund for Gender Equality). På uppdrag av FN-systemet förvaltar UN Women the UN Trust Fund som finansierar program för att stoppa alla former av könsrelaterat våld som undergräver kvinnors rättigheter runt om i världen. Jämställdhetsfonden är ett initiativ från flera givare och är tillägnad program som ökar kvinnors ekonomiska möjligheter och/eller politiskt deltagande på lokal och nationell nivå.
